Membránový systém je navrhnutý na základe nepretržitej prevádzky, ale v skutočnej prevádzke bude vždy určitá frekvencia spúšťania a vypínania. Keď je membránový systém vypnutý, produkovaný voda alebo vopred ošetrená kvalifikovaná voda sa musí použiť na nízkotlakové splachovanie, aby sa nahradila koncentrovaná voda obsahujúca inhibítory vo vysokej koncentráciiro membránaPrvky. Mali by sa tiež prijať opatrenia, aby sa zabránilo úniku vody do systému a zavedeniu vzduchu, pretože ak komponenty stratia vodu a vyschnú, môže dôjsť k nezvratnej strate toku vody. Ak je odstávka k menej ako 24 hodín, nie je potrebné prijať opatrenia na zabránenie rastu mikroorganizmov. Ak však čas vypnutia prekročí vyššie uvedené predpisy, mala by sa použiť ochranná kvapalina na ochranu systému alebo pravidelné splachovanie membránového systému.





